پس از شهادت امام حسین(ع) به دستور عمرسعد، سر همه‎ی شهدا را از بدن جدا کردند، به جز دو سر؛ یکی سر حضرت علی اصغر؛ زیرا امام حسین(ع) او را دفن کرد، و دوم سر حرّ بن یزید ریاحی که خویشان او مانع از بریدن سر او شدند.

 براساس گزارش منابع تاریخی، سرهای شهدا را بین طوایف مختلف تقسیم کردند تا به کوفه و شام برده، جایزه بگیرند. پس از ورود به کوفه، ابن زیاد طبق فرمان یزید اسرا را به مخفر بن ثعلبة و شمر بن ذی الجوشن سپرد و با وضعی دلخراش به سوی شام روانه کرد و بر اساس برخی روایات، چهل نفر از مأموران، اسیران را با سرها حرکت دادند و راه طولانی کوفه تا شام را که 15 منزل بود، پیمودند تا به دارالاماره شام رسیدند.

سرانجام سر امام حسین(ع) و دیگر سرها چه شد و در کجا دفن شدند؟

* اقوال مختلف

 سر مقدس سیدالشهدا در نجف اشرف، کنار مرقد مطهّر امیرمؤمنان(ع) دفن شده است.

* و او آن را در بقیع، کنار قبر مادرش زهرا(س)، دفن نمود؛

* در دمشق دفن شده که در مکان آن اختلاف است. به گفته‎ی ابن ابی الدنیا، در باب الفرادیس و به گفته‎ی بلاذری و واقدی، در دارالاماره دمشق دفن شده است؛

* خلفای فاطمی سر مقدس را از باب الفرادیس به عسقلان که بین شام و مصر است، بردند و از آن‎جا به مصر منتقل کردند و در مشهدی که معروف است، دفن نمودند که زیارتگاه علاقه‎مندان است؛

* سر مطهر را به کربلا آوردند، به بدن مقدس آن حضرت ملحق کردند.

سرانجام سرهای سایر شهدا

* در باب صغیر شام که قبرستان بسیار بزرگی است، مقبره‎ای است معروف به «مشهد رؤوس شهداء کربلا» که نام بسیاری از شهدای مدفون در آن مقبره، ذکر شده است؛حسین نفس مطمئنة، محمد علی عالمی، ص ۳۶۵

* مؤلف «اعیان الشیعه» می‎نویسد: بعد از سال ۱۳۲۱ هجری قمری، مقبره‎ای را دیدم که سنگی بالای آن نصب و در آن نوشته شده بود: «هذا مدفن رأس عباس بن علی، رأس علی بن الحسین الاکبر و رأس حبیب بن مظاهر». دو سال بعد، بنا را تخریب و تجدید نمودند و آن سنگ را برداشتند، و در ضریحی که داخل مقبره نصب نموده‎اند، اسامی بسیاری از شهدای کربلا را بر آن نقش کرده‎اند و بعید نیست که این رؤس در آن‎جا دفن شده باشند.

* بر اساس رأی مشهور بین علمای امامیه، بقیه سرهای اهل بیت که به شام فرستاده شده بودند، به همراه امام سجاد (ع) و زینب(س) به کربلا آورده شده، به اجساد مطهرشان ملحق گردیدند.مقتل الحسین، سید محمد تقی بحر العلوم، ص ۴۷۱

اما قول صحیح: مشهور بین علمای امامیه، هم‎چنان که علامه‎ی مجلسی (ره) بر آن تصریح فرموده، آن است که امام سجاد(ع) رأس مطهّر سیدالشهدا و سایر شهدا را در روز اربعین همان سال، (بیستم ماه صفر سال ۶۱ ه ق) از شام وارد کربلا کرده، به بدن‎های مطهّر آن‎ها ملحق گردانیده است.تحقیق درباره اولین اربعین حضرت سیدالشهدا، شهید قاضی طباطبایی، ج ۳، ص ۳۰۴

سید بن طاووس در «لهوف» ‎آورده است: سر مبارک امام حسین(ع) از شام برگردانده شده و در کربلا در کنار جسد شریف دفن شده است.

سید اسرار حسینی تنکابنی نیز در کتاب «مصائب الهداة»، پس از نقل اقوال، درباره‎ی دفن سر مطهر امام(ع) می‎گوید: «لیکن خبر حمل کردن امام سجاد(ع) سر مبارک را به کربلا و دفن آن با جسد مطهر، اشهر و اظهر و مؤید به عقل و نقل است.

در کتاب «مقتل‎الحسین سید عبد الرزاق مقرم، ص ۴۶۹» آمده است: سرهای مطهر به کربلا آورده شدند،

  این نظریه در کتاب‎های شیعه و سنی از جمله: حبیب السیر و نفس‎المهموم، ص ۲۵۳، و در روضة الواعظین فتال نیشابوری، ص ۱۶۵، و در مثیر‎الاحزان ابن نما حلی، ص ۵۸، و در لهوف سید بن طاوس، ص ۱۱۲ و در اعلام الوری طبرسی، ص ۱۵۱ و در مقتل‎العوالم، ص ۱۵۴ و در مناقب ابن شهرآشوب، ج ۲ ، ص ۲۰۰ و در عجایب المخلوقات قزوینی، ص ۶۷ و در الاتحاف بحب الاشراف شبراوی، ص ۱۲ و ۲۳ و در تذکرة الخواص سبط ابن الجوزی، ص ۱۵۰ و در الکواکب الدریة شیخ مناوی، ج ۱، ص ۵۷ و قرطبی نیز این مطلب را ترجیح داده است، و همچنین در نورالابصار نوشته شبلنجی، ص ۱۱۵ چاپ مصر و نیز اسعاف الراغبین علامه شیخ محمد صبّان از علمای اهل سنت در حاشیه نورالابصار، ص ۱۶۰ وجود دارد.